常用有两种方法：

1、在windows/linux下，首先把so动态库文件 编译出来(通过NDK)，然后再 拷贝到android的工程里 libs/armeabi/下，如果libs/armeabi 不存在，那就自己创建，最后用eclipse编译本项目，这样将自动把so文件打包到apk里；eclipse在打包的时候会根据文件名的命名规则（lib****.so）去打包so文件，开头和结尾必须分别为“lib”和“.so”，否则是不会打包到apk文件中的。

2、在android源码里，使用mm命令编译apk工程。

   在project根目录下创建一个Android.mk，文件内容如：

LOCAL_PATH:= $(call my-dir)
include $(CLEAR_VARS)
LOCAL_MODULE_TAGS := user
LOCAL_SRC_FILES := $(call all-subdir-java-files)
LOCAL_PACKAGE_NAME := whzgj
LOCAL_JNI_SHARED_LIBRARIES := libhello-jni
include $(BUILD_PACKAGE)
include $(LOCAL_PATH)/jni/Android.mk
#include $(call all-makefiles-under,$(LOCAL_PATH))

LOCAL_JNI_SHARED_LIBRARIES := libtest 就是把so文件放到apk文件里的libs/armeabi里，而include $(LOCAL_PATH)/jni/Android.mk为了编译so文件。

  Jni目录下Android.mk 里添加:

LOCAL_PATH := $(call my-dir)

include $(CLEAR_VARS)

LOCAL_MODULE_TAGS := optional

LOCAL_MODULE    := libhello-jni

LOCAL_SRC_FILES := hello-jni.c

include $(BUILD_SHARED_LIBRARY)

编译出来的 共享库，会自动 添加 一个 .so 后缀，如：libhello-jni.so

在android的java代码里添加：

    static {

        System.loadLibrary("hello-jni");//注意 千万 不要 在 前面  加 lib 后面 加 so

    } 

把工程文件放到android source目录下,然后进入该目录,命令里输入mm,进行该工程的编译,这样编译出来的apk，在libs/armeabi文件夹里面包含so文件。

当 编译的时候 不想 分离 apk的DEX文件，在 编译 系统里 添加 DISABLE_DEXPREOPT:=true